Com a articulação permanente de tantas instituições, a metodologia utilizada é essencial para o êxito do Programa.
A atuação ocorre de forma regionalizada em etapas de campo, envolvendo cerca de 10 municípios. São realizadas 3 fases distintas:

• Planejamento: quando é definida a região a ser visitada, são definidas as atividades prioritárias, critérios, são realizadas ações de inteligência, organizando a fase seguinte;
• Execução: com cerca de 15 dias são realizadas ações de campo, com os diversos órgãos públicos e demais parceiros em campo na região, quando são realizadas ações em três grandes frentes:
• Fiscalização – São realizadas ações de fiscalização, constituídas pelos diversos fiscais dos respectivos órgãos públicos, adotando medidas imediatas de acordo com a situação identificada;
• Diagnóstico – São feitos diagnósticos quanto a políticas públicas, registrando os avanços e as lacunas na sua implementação;
• Educação ambiental – São realizadas diversas ações socioeducativas com atividades junto às escolas, com a sociedade, empreendimentos e nas mídias
  Ao final de cada etapa, é realizada uma Audiência Pública para apresentar os resultados da Fiscalização Preventiva Integrada para os gestores municipais, representantes da sociedade civil e organizações sociais da região.
• Desdobramento: os trabalhos desenvolvidos resultam em relatórios técnicos que são encaminhados aos órgãos competentes para as devidas providências necessárias e ao Ministério Público para desdobramentos cíveis e criminais.
  Ocorre sempre a responsabilização do causador do dano.

Os resultados positivos alcançados com o Programa FPI evidenciam uma maior participação da sociedade para a proteção ambiental, maior proatividade dos municípios apoiados pelo Programa, o resgate de animais silvestres retirados clandestinamente com a sua devolução à natureza, o encerramento de lixões, a destruição de fornos de carvão clandestinos, a adequação de propriedades rurais, a adequação de cerâmicas, a interdição de empreendimentos impactantes ilegais, a paralisação de mineradoras ilegais, a regularização de queijarias e laticínios, a melhoria das condições de vida de comunidades, dentre muitos outros ganhos.
Com esta ação marcante, incentiva-se o sonho coletivo, a superação das diferenças e a persistência na atuação integrada e eficiente, visando soluções para os diversos problemas socioambientais que vem passando o Velho Chico e todos os outros rios e povos do nosso Planeta.